Объем научных исследований по фитотерапии, ботанической медицине и натуропатии огромен. Результаты многих исследований часто публикуются только на немецком и французском языках, поэтому известны только в среде узких специалистов. На русском языке не достаточно качественных публикаций, книг и учебных программ для врачей. К сожалению, нынешний расцвет шарлатанства, псевдонаук о лекарственных травах и подделок БАД привел к искажению представлений о научной фитотерапии и натуропатии

В фитотерапии существует множество разных форм фитопрепаратов (настои, настойки, отвары, порошки). К сожалению, большинство БАД являются низкокачественными. Но это не значит, что сам метод фитотерапии неэффективен.

В действительности фитотерапии нет альтернативы для профилактики многих хронических заболеваний. Это подтверждает стратегия развития народной медицины, которая разработана всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) в 2005 г. Во многих странах, таких как Китай, Южная Корея, Япония, Швейцария, Турция, а также США, Англия и Австралия, фитотерапия и натуропатия поддерживаются государством и расходы на народную медицину покрываются страховыми компаниями.  На сегодняшний день только синтетическими препаратами не удается справиться с болезнями цивилизации, такими как рак, заболевания сердца и сосудов, диабет и проч.

Важной особенностью фитотерапии является длительность ее применения. Для того, чтобы оценить результаты фитотерапии требуется от 2 месяцев до 1 года постоянного, непрерывного ее использования. Контроль эффективности определяется изменениями в клинико-лабораторных показателях.

Научная фитотерапия изучается как отдельная дисциплина в фармацевтических институтах. Только называется этот предмет фармакогнозия. К сожалению, в отечественных медицинских учебных учреждения его не проходят. Поэтому большинство практикующих врачей не знают о широких возможностях использования лекарственных трав.
Однако на западе натуропатия является лицензируемой специальностью, механизмы действия лекарственных трав исследуются в рандомизированных клинических испытаниях.

Метод фитотерапии является составной частью традиционной медицины. Он регламентирован приказом № 238 МЗ РФ — 2003 года и методическими рекомендациями «Применение методов фитотерапии в практическом здравоохранении» МЗ РФ от 1999 г., а также приказом МЗ РФ № 139 от 04.04.2003 г. «Об утверждении инструкции по внедрению оздоровительных технологий в деятельности образовательных учреждений».

В других странах фитотерапия поддерживается государством более широко. Так, например, в Японии 90% врачей назначают растительные препараты на регулярной основе. Более того, страховка покрывает расходы пациентов на покупку фитопрепаратов. В Швейцарии фитотерапия также покрывается медицинской страховкой. При европейском фармацевтическом агентстве существует специальная комиссия по оценке эффективности лекарственных трав (ESCOP).

Наиболее полно эффект от фитотерапии можно увидеть при лечении хронической патологии. При большинстве хронических заболеваний, особенно в период ремиссии (пусть даже нестойкой), фитотерапия может применяться как единственный и достаточный метод лечения. В остальных случаях использование лекарственных растений является хоть и дополнительным, но существенным компонентом лечения, способствует скорейшему выздоровлению, минимизирует количество осложнений или переход заболевания в хроническую форму.

Назначение лекарственных растений никак не противоречит стандартным схемам лечения. Более того, они прекрасно дополняют друг друга. Как правило, при острых состояниях назначаются синтетические препараты. Они быстро устраняют симптомы. Однако при хронических заболеваниях предпочтения необходимо отдавать в пользу более натуральных и природных лекарственных средств.

Выбор схемы лечения всегда диктуется фармацевтическими производителями. Их основная задача заключается в продаже и изобретении новых фармпрепаратов. Однако важно понимать, что простые и дешевые препараты, в том числе и из растительного сырья, забываются. Их использование становится экономически не выгодно. Однако по эффективности такие препараты могут не уступать самым современным фармацевтическим разработкам.